Retrait progressif des Boeing B737-200 et acquisition de nouveaux appareils. TUNISAIR crée Tunisie Catering, sa filiale dédiée aux services de restauration aérienne, et ouvre de nouvelles lignes vers Benghazi et Dubaï (via Beyrouth).

En 2003, TUNISAIR lance une réorganisation d’envergure et inaugure l’Aviation Training Center of Tunisia (ATCT), un centre de formation doté de simulateurs de type A319 destiné aux pilotes et techniciens. En décembre, la compagnie étend son réseau africain avec la ligne Tunis–Bamako–Abidjan.

TUNISAIR obtient la certification ISO 9001 version 2000, reconnaissance de la qualité et de la sécurité de ses opérations techniques et commerciales. Le 11 octobre de la même année, elle inaugure son nouveau siège en France, sis au 15 avenue de Friedland à Paris.

2005 : TUNISAIR crée deux filiales spécialisées : TUNISAIR Handling pour les services au sol et TUNISAIR Technics pour la maintenance aéronautique, en partenariat avec Lufthansa. La compagnie joue également un rôle de premier plan comme transporteur officiel du Sommet Mondial sur la Société de l’Information (SMSI). Côté innovation, elle lance l’e-ticketing sur certaines destinations, suivi en septembre par la mise en ligne de son site marchand.

Élaboration d’une nouvelle stratégie commerciale avec le concours de Lufthansa Consulting. Lancement des lignes Tunis–Oran et Tunis–Nantes. À la fin de l’année, l’e-ticketing représente déjà 32 % des ventes sur les marchés concernés

La certification ISO est renouvelée par INNORPI. TUNISAIR renforce sa flotte avec un A319 ER (Alyssa) et convertit un A319 existant à la version Extended Range. L’e-ticketing est généralisé et le développement du réseau au Moyen-Orient s’accélère.